هناك ثأرات داخلية بين ما يسمى التنظيم السياسي السري وبين تنظيم الشباب المؤمن.
وهناك ثٱرات داخل تنظيم الشباب المؤمن نفسه.

 بطريقة غامضة تم قتل زوجة أحد ابناء حسين بدر الدين الحوثي مؤسس الجماعة الحوثية.
هناك مؤشرات بأن ما حدث هو ثأراً لمقتل زوجة يحيى الشامي مؤسس التنظيم السياسي ، والذي تم قتله هو وزوجته وأبنه زكريا ، واستهدافهم الثلاثة في آن واحد كان بهدف اضعاف الانتقام والثأر بعد الجريمة واخفاء معلومات  الخلاف حتى لا تظهر للعلن  ، بالإضافة إلى أن الزوجة لديها الكثير من الأسرار وتتزعم قيادة القطاع النسوي في التنظيم السياسي ، والتي تعهدت أتباعها بالثأر لها بقتل عدة نساء من زوجات مؤسسي تنظيم الشباب المؤمن ، وما مقتل زوجة نجل حسين الحوثي إلا بداية ثأر لعمليات كثيرة قادمة.
تم قتل السفير الإيراني حسن ايرلوا ثأراً لمقتل زكريا الشامي ، أما مقتل اباه يحيى مؤسس التنظيم فإن الثأر له سيكون في قتل عبدالملك وعدة قيادات حوثية من آل الحوثي وممن تتربع قيادة تنظيم الشباب المؤمن.
منذ مقتل يحيى الشامي ونجله وزوجته ، تعيش القيادات من آل الحوثي تحت التهديد وعليها حراسة مشددة من بينهم يحيى الحوثي وأخيه عبدالكريم ومحمد علي الحوثي ، اما أبناء حسين بدر الدين فقد فروا إلى إيران لأنهم المستهدفين رقم واحد.

بدأت الخلافات بين التنظيم السياسي وتنظيم الشباب المؤمن في العام الأول من سيطرة الحوثي على صنعاء وبقية المحافظات ، إذ قام الأخير بإلغاء الأول وتهميشه بعد أن استخدمه.
كان هناك قيادات سابقة في الدولة تتبع التنظيم السياسي تتقلد مناصب تم اقصاءها بعد قيام الانقلاب الحوثي.
تم الغاء مجلس حكماء آل البيت وزحلقة التنظيم السياسي من المناصب واتخاذ القرار والصلاحيات واصبحت السيطرة والتحكم لتنظيم الشباب المؤمن فقط.

الخلافات بين التنظيمين التي أدت لإغتيال عدة قيادات ، أوجدت ثأر بين التنظيمين وبين الأسر الحوثية.
ثأر بين التنظيم السياسي الهاشمي وتنظيم الشباب المؤمن.
ثأر بين أسرة آل الشامي وأسرة آل الحوثي.
ثأر بين أسرة آل زيد وآل الحوثي بسبب اغتيال حسن زيد.
وهناك ثأر  لعدة أسر أخرى.

أيضاً هناك ثأرات داخل تنظيم الشباب المؤمن.
مقتل طه المداني كان بسبب خلافه مع ابو علي الحاكم على تولي قيادة الجانب العسكري داخل التنظيم ،  وتم التحفظ على الجثة وتكتيم خبر مقتله سنة ونصف ، ثم أدعوا بعدها أنه قٌتل في دمت أثناء المواجهة ، ولو كان كذلك لتم الإعلان ودفنه على الفور ، والحقيقة أنه تم اغتياله في صعدة ، ولازال آل المداني يريدون أن يثأروا له ويقتلوا أبو علي الحاكم.